對于絕大部分的應用程序，都可以完全兼容的運行在虛擬桌面系統中，但是也有特例：

1. 要求有特別的硬件，（USB，串口，并口這些都可以通過虛擬化來重定向到虛擬桌面上，但是PCI設備將不能這樣來做，典型的是呼叫中心的硬件語音卡（硬件卡方式開始逐漸退出市場，取而代之的是純軟件的軟電話程序，使用軟電話就不會有這個問題），這種就需要進行定制開發來解決。

2. 要求有特別的序列號（要求只能安裝在特定品牌的電腦上，通過磁盤等序列號這種方式的。不過目前這種應用程序越來越少，我基本上沒有碰到過）

3. 要求使用指定的顯卡，VMware虛擬的顯卡為(VMware SVGA card)

對于這些不支持，或者可能有風險的應用程序，也可以通過一些定制來解決。比如虛擬通道技術或TCP/IP傳輸方式。

之前提到過使用注冊表重定向功能來傳輸注冊表信息其實使用的就是VMware預留的虛擬通道來解決的。

另外也可以使用TCP/IP方式來進行傳輸，如在瘦客戶機上安裝一個TCP/IP代理程序，自定義的將需要的信息傳輸到虛擬桌面的TCP服務器端，來進行特定數據的傳輸。

應用程序開發商們也已經意識到虛擬化的必然趨勢，開始對應用程序的授權，開發模式進行改變。如防病毒軟件產品推出專門的虛擬化版本，備份廠商對備份節點不再按操作系統數量收費，而是改為按虛擬化主機的數量來授權，硬件加密狗也越來越少見到，取而代之的是新型的許可計算模式，如并發許可，命名用戶等。

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